鋼鉄の男が第二の故郷を守るために命を落とした時、彼の体現する真実と正義は永遠に失われたかに思えた。しかし、それを遠くから見つめるもう一人のスーパーマンがいた。より年齢を重ね、経験と知恵を身につけたスーパーマンだ。さらに彼は妻のロイス・レーンと、息子のジョナサン・ケイトを伴っていた。こうして、とある消え去ったユニバースから逃れてきた彼が、表舞台に現れる。いまは亡きもう一人の自分の名前を継承して、地球で最も偉大なヒーローとして飛び立つために。だが、この次元にたどり着いたクリプトン星の生き残りは、彼だけではなかった。“エラディケイター”として知られる人工知性体が、エル家の生存者を追う。彼の目的はクリプトン星人の遺伝情報の保存のみであり、他の生命体に対する考慮は一切ない。たとえそれが、カル＝エル―つまりクラーク・ケントの血を継ぐ者であったとしても。果たしてスーパーマンの息子は、目覚めたばかりの能力を使いこなして、地球人としての自分をまっとうすることができるのか？